构建基因的模块层次聚类建树过程的参数筛选基因模块方法

WGCNA原理介绍WGCNA原理总结

1.构建基因共表达网络：首先构建基因共表达网络，通常利用两个基因之间的表达模式，计算出它们之间的相关系数建树方法，然后根据相关系数;

2.识别：在构建基因关系后，我们用阈值来勾画出那些关系比较密切的基因，我们把密切相关的基因分成一个

3.会与外部信息相关联：对pair做一些特征分析，包括为其分配特征值建树方法，对内部基因进行​​GO富集以探索其功能

4.研究之间的关系：通过表达模式和模块功能筛选和比较关键生物学问题

5.识别关键中的调控基因：分析关键的内部基因，包括查看内部注释基因的功能以及它们的调控水平之间的关系，以确定一些更关键的调控基因

构建基因关系网络

计算基因间的相关性 无标度网络（幂指数函数符合生物学意义） 确定关键参数β 计算基因间的表达关系（间接关系）

TOM公式中计算基因i和j的关系，不仅考虑i和j的直接关系，还要考虑第三个基因u的间接关系

构建基因模块

在Tom值的基础上，采用动态建树的方法构建基因模块

层次聚类建树过程参数筛选基因模块方法一：表达模式分析——分析所有样本中各模块的表达模式方法二：表型关联分析——分析基因模块与表型数据的关系（计算两者的相关系数） 方法三：富集分析——模块中基因的GO和KEGG功能富集分析 方法四：靶基因——根据感兴趣的靶基因筛选其所在模块 方法一：模块特征值表达模式分析

方法2：模块与表型性状的关联分析方法3：模块化基因功能富集分析方法4：基于靶基因筛选模块识别关键基因基因分析方法3：靶基因关联分析方法1：模块内基因连通性分析筛选关键基因：

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方法二：特定功能（类型）基因分析方法三：靶基因关联分析